[BIOKIMIA][KINETIKA ENZIM]

Diskusi bidang biologi

Moderators: bioxc97, Reg.Moatman, syailendra.karuna

Post Reply
bioxc97
Moderator Biologi
Moderator Biologi
Posts: 6
Joined: Sat Oct 13, 2018 4:59 pm
Bidang OSN: Biologi SMA
Tahun OSN: 2017
Been thanked: 3 times

Wed Oct 17, 2018 8:43 am

Berikut adalah soal tentang kinetika reaksi bisubstrat yang boleh Anda coba.

Kinetika enzim merupakan hal dasar yang seharusnya sudah Anda kuasai sebagai calon peserta IBO. Kinetika enzim yang biasanya kita temui adalah kinetika reaksi enzimatis yang melibatkan satu substrat saja. Padahal, >60% reaksi biokimia yang telah diketahui merupakan jenis reaksi yang melibatkan dua substrat (bisubstrate reaction). Persamaan reaksi umum untuk reaksi bisubstrat ini adalah $\ce{ A + B <=> P + Q}$. Ada berbagai mekanisme reaksi bisubstrat yang dirumuskan oleh para peneliti, salah satunya adalah mekanisme reaksi Ping Pong. Pada mekanisme ini, satu atau lebih produk dilepaskan dari kompleks enzim sebelum semua substrat ditambahkan. Representasi dari mekanisme ini dapat dilihat pada salah satu contoh reaksi Ping Pong yang ditunjukkan oleh gambar 1. Dengan menggunakan asumsi steady-state dan penurunan matematis, persamaan kurva Lineweaver-Burk dari reaksi Ping Pong yang melibatkan substrat A dan B ditunjukkan pada gambar 2.
g.PNG
g.PNG (38.11 KiB) Viewed 181 times

Keterangan :
• Pada gambar 1, E menunjukkan enzim bebas, -X (ditulis merah) adalah suatu gugus fungsi, P dan B masing – masing adalah substrat unik.
• Pada gambar 2, $V_0$ menunjukkan laju inisial reaksi, $K_M^A$ dan $K_M^B$ masing – masing menunjukkan konstanta Michaelis-Menten dari enzim terhadap substrat A dan B, dan $V_{max}$ menunjukkan laju inisial reaksi maksimum.

Berdasarkan uraian di atas, tentukan apakah pernyataan berikut Benar (B) atau Salah (S)!
A. Proteasome adalah salah satu enzim yang mengkatalisis reaksi bisubstrat.
B. Proses perbaikan kerusakan DNA akibat terbentuknya basa unik O-6-methylguanine merupakan contoh reaksi yang ditunjukkan oleh gambar 1.
C. Perubahan konsentrasi A akan menyebabkan perubahan gradien pada grafik Lineweaver-Burk plot 1/$V_0$ terhadap 1/Konsentrasi B.
D. Peningkatan konsentrasi A menyebabkan dibutuhkannya lebih banyak substrat B untuk mencapai ½ $V_{max}$.

@bioxc
bioxc97
Moderator Biologi
Moderator Biologi
Posts: 6
Joined: Sat Oct 13, 2018 4:59 pm
Bidang OSN: Biologi SMA
Tahun OSN: 2017
Been thanked: 3 times

Mon Nov 05, 2018 2:48 pm

[SOLUSI]

1. BENAR. Proteasome mengkatalisis reaksi hidrolisis protein atau polipeptida dengan substrat berupa rantai asam amino dan air sebagai agen lisis.

2. BENAR. Jika dilihat dari skema, kerja enzim tampaknya sebagai agen transfer sehingga kita dapat mendeduksi kelas enzimnya adalah transferase. Pembentukan basa unik guanin termetilasi harus diperbaiki oleh sistem reparasi DNA yaitu oleh bantuan enzim metil-transferase yang juga merupakan kelas enzim transferase.

3. SALAH. Jika kita mengeplot $1 / V_0$ terhadap $1/(B)$ maka komponen sumbu-y adalah $1/V_0$ dan komponen sumbu-x adalah $1/(B)$. Ini berarti persamaan kita dapat diubah menjadi bentuk $y = mx + c$. Jika diperhatikan, koefisien $1/(B)$ adalah ${K_M}^B / V_{max}$ sehingga gradien garis pada plot tersebut tidak dipengaruhi oleh konsentrasi A. Konsentrasi A (sebagai unsur c dari persamaan garis) hanya akan memengaruhi titik potong garis dengan sumbu-y yaitu nilai $1/V_{max}$.
Keterangan : (B) menunjukkan konsentrasi B, maaf karena adanya kesulitan akibat kesamaan format pada penggunaan Latex.

4. BENAR. Logikanya dalam suatu reaksi yang memiliki dua substrat, kedua substrat harus ada dalam proporsi yang tepat agar reaksi berjalan dengan baik. Sehingga, jika salah satu subtrat naik konsentrasinya, maka harus diimbangi dengan kenaikan konsentrasi substrat lainnya dalam proporsi yang sesuai. Ingat pula teori tumbukan efektif dalam kinetika reaksi!

Further reading : Voet Biochemistry
Post Reply